ガンダムＳｅｅｄ ＤＶＤ後編
第29話 さだめの楔
第30話 閃光の刻
第31話 慟哭の空
第32話 約束の地に
中立国オーブの秘密ドックで補給を終わらせたアークエンジェル。その様子を伺っていたアスランたちは、アークエンジェルがオーブ領海を出た瞬間に攻撃を開始する。敵味方が入り乱れる中、アスランのイージスとキラのストライクが火花を散らす。ここでキラとアスランそれぞれの親友であるトールとニコルが命を落とす。お互い憎しみをむき出しにした死闘が始まる・・・。
キラとアスランの壮絶な全力バトルが見られます。
二人の種割れバトルは必見です。
第33話 闇の胎動
第34話 まなざしの先
第35話 舞い降りる剣（つるぎ）
第36話 正義の名のもとに
地球連合軍 総司令部のアラスカ基地に到着したアークエンジェル。ナタル、ムウ、フレイの転属命令がいい渡される。
戦争の早期終結を目指すザフト軍は連合総司令部アラスカ基地への総攻撃「オペレーション・スピットブレイク」を開始。連合側はたいした抵抗もないまま連合本部への侵攻を許してしまう・・・。しかし、この時点で連合の主力と首脳部はすでに脱出していた。連合本部へ集結したザフトの攻撃部隊は「サイクロプス」により戦力の8割を失ってしまう。アークエンジェルは転属になったムウからの知らせと、フリーダムに乗ったキラの活躍により、サイクロプスの悲劇からなんとか難を逃れる。
第37話 神のいかずち
第38話 決意の砲火
第39話 アスラン
第40話 暁の宇宙へ（そらへ）
連合軍の罠にはまりサイクロプスの犠牲になるところだったアークエンジェル。頼る先をもとめてオーブへ向かう。ウズミ代表は「来ている軍服の意味を考えてみろ！」とアークエンジェルクルーを問いただす。
そのころザフトはアラスカでの弔い合戦とばかりにパナマ基地にある連合軍のマスドライバーを破壊。宇宙への移動手段をたたれた連合軍はオーブにあるマスドライバーを狙うために、オーブへの侵攻を開始。オーブを護ることを決意したマリューたちクルー。しかし連合軍は驚異的な力を持つ３機の新型Ｇを戦闘に投入。圧倒的な力を持つ３機のＧに苦戦するキラのフリーダム。そんなキラの危機を救ったのはジャスティスにのるアスランだった・・・。
第41話 ゆれる世界
第42話 ラクス出撃
第43話 立ちはだかるもの
第44話 螺旋の邂逅
圧倒的戦力差の前に陥落寸前のオーブは、意思を未来につなぐためアークエンジェルらを宇宙へと脱出させる。宇宙へとあがったアークエンジェルは当面の拠点として放棄されたＬ４コロニー郡へと向かう。
一方オーブを制圧したアズラエルとナタルの率いる地球連合軍もマスドライバーを使い、Ｌ４コロニー郡に潜むアークエンジェルを追う。
ザフト軍では高まる決戦の気運を察し、ラクスが行動を起こす。ザフトの新型機動艦エターナルを奪取し、Ｌ４コロニーのアークエンジェルへの合流を果たそうとする。エターナルを追うクルーゼ隊。Ｌ４コロニー軍において連合×ザフト×アークエンジェルの３つ巴の戦いが始まろうとしていた・・・。
第45話 開く扉
第46話 たましいの場所
第47話 悪夢は再び
第48話 怒りの日
Ｌ４コロニー郡の廃棄された遺伝子研究所へキラとムウを誘い込むラウ。ここでキラは自分が計画的に生み出された最高のコーディネイターであると知る。
そのころラウから「最後の扉の鍵」となるディスクを渡され、宇宙空間に放たれたフレイ。この「最後の扉の鍵」はアズラエルの手に渡された。これにより核攻撃が可能となった地球連合軍は核攻撃部隊「ピースメーカーズ」を出撃させ、ボアズ防衛線は一瞬のうちに崩壊してしまう。
ザフトは核に対する報復として最終兵器「ジェネシス」を起動させ連合軍の半数が壊滅する。
第45話 終末の光
第45話 終わらない明日へ
ジェネシスの第２射が放たれ、地球連合軍の月面基地は壊滅してしまう。半狂乱のアズラエルは核攻撃部隊にプラントへの総攻撃を命令する。アークエンジェルに対しては、戦闘で傷ついたムウのストライクが帰投瞬間を狙い、ブリッジへ向けてゴットフリートを発射！
マリューたちをかばうため、自ら盾となるストライクのムウ・・・。目の前で愛するものを失ったマリューはドミニオンのアズラエルとナタルを撃破する。キラたちの活躍により、連合軍の各部隊は全滅し、ザフトの勝利が決定的になる。しかしザラはジェネシスの照準を地球へと向ける。父の暴走を止めるためアスランとカガリはヤキン・ドューエに突入する。
一方フリーダムのキラは、プロヴィデンスにのるラウへ最後の戦いを挑む。ここでフレイが・・・。